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引物合成過程
目前引物合成基本采用固相亞磷酰胺三酯法。DNA合成儀有很多種,主要都是由ABI/PE公司生產(chǎn),而Bioneer自行研制的**384并行高通量DNA合成儀,可實(shí)現(xiàn)99%的高合成率。無論采用什么機(jī)器合成,合成的原理都相同,主要差別在于合成產(chǎn)率的高低,試劑消耗量的不同和單個循環(huán)用時的多少。
亞磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速的偶聯(lián)以及起始反應(yīng)物比較穩(wěn)定的特點(diǎn)。亞磷酰胺三酯法是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,相鄰的核苷酸通過3′→5′磷酸二酯鍵連接。
**步,將預(yù)先連接在固相載體CPG上的活性基團(tuán)被保護(hù)的核苷酸與三***反應(yīng),脫去其5′-羥基的保護(hù)基團(tuán)DMT,獲得游離的5′-羥基。
**步,合成DNA的原料,亞磷酰胺保護(hù)核苷酸單體,與活化劑四氮唑混合,得到核苷亞磷酸活化中間體,它的3′端被活化,5′-羥基仍然被DMT保護(hù),與溶液中游離的5′-羥基發(fā)生縮合反應(yīng)。
第三步,帶帽(capping)反應(yīng),縮合反應(yīng)中可能有極少數(shù)5′-羥基沒有參加反應(yīng)(少于2%),用乙酸酐和1-甲基咪唑終止其后繼續(xù)發(fā)生反應(yīng),這種短片段可以在純化時分離掉。
第四步,在氧化劑碘的作用下,亞磷酰形式轉(zhuǎn)變?yōu)楦€(wěn)定的磷酸三酯。
經(jīng)過以上四個步驟,一個脫氧核苷酸被連接到固相載體的核苷酸上。再以三***脫去它的5′-羥基上的保護(hù)基團(tuán)DMT,重復(fù)以上步驟,直到所有要求合成的堿基被接上去。合成過程中可以觀察TCA處理階段的顏色判定合成效率。
通過氨水高溫處理,連接在CPG上的引物被切下來,通過OPC,PAGE等手段純化引物,成品引物用C18濃縮、脫鹽,沉淀。沉淀后的引物用水懸浮,測定OD260定量,根據(jù)定單要求分裝。
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