在國家支持下，中國科學院生物化學研究所、**醫學科學院、復旦大學與北京師范大學等單位迅速啟動了蛋白質組研究，建立并組合了二維電泳蛋白質組分離技術、圖象分析技術和蛋白質鑒定的質譜技術；先后舉辦了三次國內性的蛋白質組學術研討會，并在國際上較早提出了功能蛋白質組學的研究戰略。我國蛋白質的色譜/電泳二維分離，二維芯片電泳分離，質譜在線鑒定等方面均取得了重要進展，并得到了國際同行的認同，具有一定優勢。
 

　　雖然我國蛋白質組學研究啟動不久，我國科學家已經在重大**如肝癌、維甲酸誘導白血病細胞凋亡啟動模型及維甲酸定向誘導胚胎干細胞向神經系統分化的模型等比較蛋白質組研究以及一些重要生理和病理體系的蛋白質組成分研究方面獲得了重要成就。在胚胎干細胞誘導向神經干細胞方向分化前后分離出了19個與定向誘導神經分化相關的蛋白；在HL-60細胞凋亡研究中初步篩選到21個凋亡相關蛋白。已進行了肝癌細胞系及正常肝細胞蛋白質組的比較分析研究，發現了兩者間不同的蛋白表達群；自行建立了肝癌高/低轉移細胞系，進行了原位食管癌/轉移食管癌間的比較蛋白質組研究，初步發現了一批與腫瘤轉移相關的蛋白質群。通過蛋白質芯片技術對肺癌病人和正常人血清中的蛋白質譜的對比分析，找到了15個差異蛋白并利用BiomarkerPattern分析軟件建立了肺癌診斷分類樹模型。初步盲篩結果表明，這15個分子標志可能成為臨床診斷肺癌的新指標，有重要應用價值。在大規模人胎肝蛋白表達譜方面初步鑒定出500個高豐度蛋白，150個磷酸化相關蛋白等等。這些研究證明了我國的蛋白質組學技術平臺已能支撐一定規模的研究，為我國在該研究領域爭得了一席之地，也為未來的發展奠定了良好的基礎。
 

　　目前，由**醫學科學院牽頭的973計劃項目和由上海生命科學院牽頭的863計劃項目集中了國內十余家優勢單位，針對嚴重影響我國人民健康的重大**和重要生命科學問題開展“重大**的比較蛋白質組研究”和“重要生理、病理體系的功能蛋白質組研究”。力爭在3~5年內建立國際**水平的蛋白質組學研究通用技術平臺，發現一批有重要生命科學價值或與重大**相關的蛋白質，為探索基因轉錄,翻譯調控的規律、獲得重大**預警、診斷標志物和新藥研究的靶標作出貢獻。
 

　　目前，國內已有若干蛋白質組學研究中心或重點實驗室相繼成立，如復旦大學蛋白質研究中心，**醫學科學院蛋白質組中心，高等院校蛋白質組學研究院，中國科學院蛋白質組學重點實驗室和中國醫學科學院蛋白質組學研究中心等。其中高校蛋白質組研究院是由國內多所高校、臨床單位和國內外有關公司聯合建立的研究機構，是我國高校大規模打破學校界限，與國內外多方面力量聯手，進軍蛋白組組學研究領域所采取的新舉措。統一協調有關國內研究的中國人類蛋白質組組織（ChineseHUPO）和蛋白質組專業委員會等也在籌備中。