隨著人類基因組計劃的實施和推進，生命科學研究已進入了后基因組時代。在這個時代，生命科學的主要研究對象是功能基因組學，包括結構基因組研究和蛋白質組研究等。盡管現在已有多個物種的基因組被測序，但在這些基因組中通常有一半以上基因的功能是未知的。目前功能基因組中所采用的策略，如基因芯片、基因表達序列分析(Serialanalysis of gene expression,SAGE)等，都是從細胞中mRNA的角度來考慮的，其前提是細胞中mRNA的水平反映了蛋白質表達的水平。但事實并不完全如此，從DNA mRNA 蛋白質，存在三個層次的調控，即轉錄水平調控(Transcriptional control )，翻譯水平調控(Translational control)，翻譯后水平調控(Post-translational control )。從mRNA角度考慮，實際上僅包括了轉錄水平調控，并不能**代表蛋白質表達水平。實驗也證明，組織中mRNA豐度與蛋白質豐度的相關性并不好，尤其對于低豐度蛋白質來說，相關性更差。更重要的是，蛋白質復雜的翻譯后修飾、蛋白質的亞細胞定位或遷移、蛋白質－蛋白質相互作用等則幾乎無法從mRNA水平來判斷。毋庸置疑，蛋白質是生理功能的執行者，是生命現象的直接體現者，對蛋白質結構和功能的研究將直接闡明生命在生理或病理條件下的變化機制。蛋白質本身的存在形式和活動規律，如翻譯后修飾、蛋白質間相互作用以及蛋白質構象等問題，仍依賴于直接對蛋白質的研究來解決。雖然蛋白質的可變性和多樣性等特殊性質導致了蛋白質研究技術遠遠比核酸技術要復雜和困難得多，但正是這些特性參與和影響著整個生命過程。
 

　　傳統的對單個蛋白質進行研究的方式已無法滿足后基因組時代的要求。這是因為：(1)生命現象的發生往往是多因素影響的，必然涉及到多個蛋白質。(2) 多個蛋白質的參與是交織成網絡的，或平行發生，或呈級聯因果。(3)在執行生理功能時蛋白質的表現是多樣的、動態的，并不象基因組那樣基本固定不變。因此要對生命的復雜活動有**和深入的認識，必然要在整體、動態、網絡的水平上對蛋白質進行研究。因此在上世紀90年代中期，國際上產生了一門新興學科－蛋白質組學（Proteomics），它是以細胞內全部蛋白質的存在及其活動方式為研究對象。可以說蛋白質組研究的開展不僅是生命科學研究進入后基因組時代的里程碑，也是后基因組時代生命科學研究的核心內容之一。
 

　　雖然**次提出蛋白質組概念是在1994年，但相關研究可以追溯到上世紀90年代中期甚至更早，尤其是80年代初，在基因組計劃提出之前，就有人提出過類似的蛋白質組計劃，當時稱為HumanProteinIndex計劃，旨在分析細胞內的所有蛋白質。但由于種種原因，這一計劃被擱淺。90年代初期，各種技術已比較成熟，在這樣的背景下，經過各國科學家的討論，才提出蛋白質組這一概念。
 

　　國際上蛋白質組研究進展十分迅速，不論基礎理論還是技術方法，都在不斷進步和完善。相當多種細胞的蛋白質組數據庫已經建立，相應的國際互聯網站也層出不窮。1996年，澳大利亞建立了世界上**個蛋白質組研究中心：AustraliaProteome Analysis Facility ( APAF)。丹麥、加拿大、日本也先后成立了蛋白質組研究中心。在美國，各大藥廠和公司在巨大財力的支持下，也紛紛加入蛋白質組的研究陣容。去年在瑞士成立的GeneProt公司，是由以蛋白質組數據庫“SWISSPROT”著稱的蛋白質組研究人員成立的，以應用蛋白質組技術開發新**靶標為目的，建立了配備有上百臺質譜儀的高通量技術平臺。而當年提出HumanProtein Index 的美國科學家Normsn G.Anderson也成立了類似的蛋白質組學公司，繼續其多年未實現的夢想。2001年4月，在美國成立了國際???類蛋白質組研究組織（HumanProteome Organization,HUPO）,隨后歐洲、亞太地區都成立了區域性蛋白質組研究組織，試圖通過合作的方式，融合各方面的力量，完**類蛋白質組計劃（HumanProteome Project）。