一種主導從世界海洋采集的水樣的病毒長期以來一直沒有進行分析,因為它具有標準測試無法檢測的特征。然而,麻省理工學院和阿爾伯特愛因斯坦醫學院的研究人員現在設法分離和研究這些難以捉摸的病毒的代表,這些病毒在病毒進化中提供了一個關鍵的缺失環節,并在調節**種群方面發揮了重要作用,正如一項新的研究報告。
病毒是**的主要捕食者,研究結果表明,目前對**病毒多樣性的看法存在重大盲點。這些結論是通過對麻省理工學院博士后Kathryn Kauffman,土木與環境工程學教授Martin Polz,阿爾伯特愛因斯坦醫學院Libusha Kelly教授以及其他九位教授的海洋樣本進行詳細分析而得出的。結果將在本周的“自然”雜志上報道。
新發現的病毒缺乏在大多數編目和測序的**病毒中發現的“尾巴”,并且具有其他一些不尋常的特性,導致他們被之前的研究遺漏。為了紀念這一事實,研究人員將這個新組織命名為Autolykiviridae - 來自希臘神話中的一個角色,因為這個角色很難被捕捉。并且,與僅捕獲一種或兩種**的典型病毒不同,這些無尾品種可以感染數十種不同類型,通常是不同物種,強調了它們的生態相關性。
這項研究“為進一步了解病毒在海洋中的作用開辟了新的途徑,”南加州大學麥卡勒克 - 克羅斯比海洋生物學主席Jed Fuhrman說,他沒有參與這項工作。“從實際意義上講,它還表明我們需要改變一些常用方法,以便為各種研究捕獲這些病毒,”他說。“我認為這是該領域的重要進展。”
Kauffman解釋說,目前病毒 - **相互作用的環境模型是基于經過充分研究的尾病毒,因此它們可能缺少自然界中發生的相互作用的重要方面。
“我們已經知道病毒在那里非常重要,”Kauffman說,指的是地表海洋,研究人員的樣本被抽取,每毫升水中發現大約1000萬個病毒。Polz說雖然“實驗室研究的大部分病毒都有尾巴,但大多數海洋中的病毒都沒有。”因此研究小組決定研究一組無尾病毒,這些病毒會感染一組叫做弧菌的**。經過大量測試,他們發現“其中一些感染異常大量的宿主,”他說。
在對Autolykiviridae的代表進行測序后,研究人員發現“他們的基因組與其他病毒完全不同,”Polz說。首先,它們的基因組非常短:大約10,000個堿基,相比典型的40,000-50,000個尾病毒。“當我們發現這一點時,我們感到很驚訝,”他說。
利用新的序列信息,研究人員能夠梳理數據庫,發現這些病毒存在于許多地方。該研究還表明,由于樣本通常在實驗室中處理的方式,這些病毒在數據庫中的代表性往往不足。團隊開發的從環境樣本中獲取這些病毒的方法可以幫助研究人員避免將來丟失這些信息。此外,Kauffman說,通常研究人員測試病毒活動的方法是用病毒樣本感染**,然后在**后檢查樣本,尋找**斑塊被殺死的跡象。但是這些特殊的無尾病毒通常行動得更慢,
新的病毒群可能特別普遍。“我們根本不認為這是海洋特有的,”波爾茲說。例如,病毒甚至可能在人類生物群系中普遍存在,并且它們可能在主要的生物地球化學循環中發揮作用,他說,例如碳的循環。
這些發現的另一個重要方面是,Autolykiviridae被證明是古代病毒譜系的成員,其由特定類型的衣殼定義,衣殼蛋白殼包裹病毒DNA。雖然已知這種血統在動物和原生生物中非常多樣化 - 包括感染人類的腺病毒等病毒,以及感染藻類的巨型病毒 - 但已發現這種病毒很少能感染**。
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