嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒2 (SARS-CoV-2)是冠狀病毒科的一種RNA病毒，引起了2019年新冠肺炎的爆發(fā)和全球大流行。雖然目前已有多種疫苗問世，為人類社會緩解并*終預(yù)防疫情帶來了希望，然而，仍需要更深入的研究來理解病毒的發(fā)病機(jī)制，特別是病毒與宿主的相互作用，以開發(fā)有效的干預(yù)措施。
根據(jù)病毒所屬的基因組類型，病毒主要分為四類，包括dsDNA、ssDNA、dsRNA和ssRNA。所有病毒都需要宿主細(xì)胞來繁殖，通過將它們的遺傳物質(zhì)引入感染細(xì)胞，劫持某些細(xì)胞機(jī)制，如核糖體、聚合酶等，產(chǎn)生病毒顆粒和相關(guān)的功能蛋白，如復(fù)制酶、宿主**反應(yīng)的拮抗劑等。
近日，中國科學(xué)院和中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院研究團(tuán)隊聯(lián)合在Protein&Cell雜志上在線發(fā)表了題為“Comprehensiveanalysis of RNA-seq and whole genome sequencing data reveals no evidence forSARS-CoV-2 integrating into host genome”的文章，揭示了SARS-CoV-2 RNA不具備整合進(jìn)宿主基因組的能力。
首先，研究團(tuán)隊對新型冠狀病毒感染的293T、Huh-7和Calu-3細(xì)胞進(jìn)行了核糖核酸序列分析，分別從293T、Huh-7和Calu-3細(xì)胞中鑒定出347、3107和4171個嵌合基因。大部分是病毒RNA與宿主細(xì)胞mRNA的融合。
于是，研究人員進(jìn)一步從所有三種細(xì)胞系中獲得了132個保守嵌合基因，并分析了RNA類型的類別。結(jié)果顯示，嵌合基因優(yōu)先為mRNA，這可能是由于mRNA相對于其他RNA類型的豐富表達(dá)。而293T、Huh-7和Calu-3細(xì)胞系中5個隨機(jī)挑選的保守嵌合基因(RPL3、GPI、ATP5F1A、EEF2和RPS19)的嵌合事件也極其多樣。這些結(jié)果表明，核糖核酸嵌合事件似乎是單個感染細(xì)胞的隨機(jī)情況，這種結(jié)果在猴細(xì)胞系中也得到證實，其感染細(xì)胞中觀察到嵌合事件的發(fā)生率較低。
隨后，研究人員進(jìn)一步對新型冠狀病毒感染樣本進(jìn)行了與核糖核酸序列平行的全基因組測序。測序覆蓋率約為30倍，超過95%的嵌合事件至少覆蓋了10倍，然而，就*高嵌合水平和嵌合基因的*大頻率而言，在bins中找不到人和新型冠狀病毒之間的嵌合連接讀數(shù)。此外，在所有基因組測序數(shù)據(jù)中沒有與新型冠狀病毒參考基因組對齊的讀數(shù)，這表明病毒通過逆轉(zhuǎn)錄整合到宿主DNA片段中的可能性極小。由于嵌合事件確實存在于RNA-seq中，并且表現(xiàn)出對高表達(dá)基因的偏好，推測它們可能是由合成**鏈和**鏈cDNA的RNA模板之間的隨機(jī)引發(fā)引起的。
*后，為了驗證轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果中嵌合事件來源為文庫構(gòu)建過程中隨機(jī)連接引入，研究人員將新冠病毒感染細(xì)胞和未感染斑馬魚胚胎的RNA進(jìn)行混合，構(gòu)建RNA 文庫，進(jìn)一步進(jìn)行RNA測序。結(jié)果表明，除了預(yù)期的人-病毒嵌合RNA片段以外，還存在斑馬魚-病毒嵌合RNA片段，并且人與斑馬魚中病毒嵌合閱讀的比率與人與斑馬魚的閱讀數(shù)量的比率成比例相關(guān)。這些結(jié)果都表明，來自核糖核酸序列的新型冠狀病毒和宿主細(xì)胞的嵌合事件是假陽性的，并且主要出現(xiàn)在文庫構(gòu)建期間。（生物谷 bioon）
